Pochodzi z Czernikowa pod Toruniem. Magister inżynier rolnictwa. W 1985 r. ukończył studia na Wydziale Rolniczym Akademii Techniczno-Rolniczej w Bydgoszczy.
W PRL-u był działaczem opozycji demokratycznej. W marcu 1980 r. (jeszcze jako uczeń szkoły średniej) został zatrzymany przez SB pod zarzutem działalności opozycyjnej. W czasie studiów działał w Niezależnym Zrzeszeniu Studentów: był przewodniczącym Komisji Uczelnianej NZS, redaktorem naczelnym i kolporterem pisma Indeks, współzałożycielem niezależnej biblioteki. Podczas strajku na ATR był przewodniczącym Komitetu Strajkowego. Rozpracowywany przez KW MO w Bydgoszczy w ramach SOS o kryptonimie Heroina. 16 grudnia 1981 r. został zatrzymany w domu rodzinnym i poddany nadzorowi MO.
Jan Krzysztof Ardanowski jest właścicielem gospodarstwa rolnego. W latach 90. XX w. został działaczem reaktywowanego rolniczego ruchu samorządowego. Wybierany w kolejnych kadencjach na funkcję Prezesa Toruńskiej Izby Rolniczej, a następnie Kujawsko-Pomorskiej Izby Rolniczej. W latach 1992–2002 pełnił funkcję wiceprzewodniczącego Krajowej Rady Doradztwa Rolniczego, a od 2003 do 2007 r. kierował samorządem rolniczym jako Prezes Krajowej Rady Izb Rolniczych w Warszawie.
Działał na rzecz przekształceń w polskiej spółdzielczości, organizując rolników do wspólnej działalności gospodarczej. Był współorganizatorem Duszpasterstwa Rolników w Diecezjach Toruńskiej i Włocławskiej. Członek NSZZ Rolników Indywidualnych „Solidarność”.
Od 1993 r. w PSL-Porozumienie Ludowe, konkurencyjnej wobec komunistycznego ZSL partii solidarnościowej. W okresie 1998–2002 z ramienia AWS zasiadał w Sejmiku Województwa Kujawsko-Pomorskiego I kadencji. W 2010 r. ponownie został wybrany do sejmiku kujawsko-pomorskiego.
Od 2001 r. związany z Prawem i Sprawiedliwością. W latach 2010–2011 radny sejmiku w województwie kujawsko-pomorskim z ramienia PiS.
W latach 2005–2007 był podsekretarzem stanu w Ministerstwie Rolnictwa i Rozwoju Wsi. Od stycznia 2008 r. do 10 kwietnia 2010 r. był doradcą Prezydenta RP Lecha Kaczyńskiego ds. wsi i rolnictwa, kierując także powołaną przez Prezydenta Radą ds. Wsi i Rolnictwa.
Od 2011 r. Poseł na Sejm RP VII, VIII i IX kadencji.
Od 20 czerwca 2018 r do 6 października 2020 r. Minister Rolnictwa i Rozwoju Wsi w pierwszym i drugim rządzie Premiera Mateusza Morawieckiego.
Od grudnia 2020 r. Jan Krzysztof Ardanowski jest Przewodniczącym Rady do Spraw Rolnictwa i Obszarów Wiejskich powołanej przez Prezydenta RP Andrzeja Dudę.
Za swoją działalność był wielokrotnie odznaczany, m.in.: odznaką honorową „Zasłużony dla Rolnictwa” (2001), Złotym Krzyżem Zasługi (2004), Orderem Zasługi Rolniczej (Francja 2007).
